Türkiye'de yetişen Kapari (Capparis ssp.) bitkisinde genetik çeşitliliğin moleküler işaretleyicilerle karakterizasyonu

Abstract

Bu çalışmada Türkiye'de yetişen 15 Capparis L. popülasyonunda genetik çeşitlilik rastgele çoğaltılmış polimorfik DNA analizi (RAPD) tekniği kullanılarak araştırıldı. Çalışmada kullanılan 10 RAPD primeri %100'ü polimorfik 98 lokus üretti. Elde edilen RAPD verileri POPGENE (1.32 sürümü) genetik veri analizi yazılım programı ile analiz edildi. Lokus düzeyindeki genetik çeşitlilik verilerine göre toplam genetik çeşitlilik (HT) ve popülasyon içi genetik çeşitlilik (Hs) değerleri sırasıyla 0,16 ve 0,12 olarak tespit edildi. Popülasyonlar arası genetik farklılaşma (GST) ve gen akışı (Nm) değerleri sırasıyla 0,22 ve 1,79 olarak hesaplandı. Lokus başına ortalama alel sayısı (na), etkili alel sayısı (nea), genetik çeşitlilik değeri (He) ve Shannon enformasyon indeks değerleri (I) sırasıyla 2, 1,20, 0,16 ve 0,29 olarak tespit edildi. Pearson korelasyon analizine göre alel sayısı ile rüzgar arasında negatif ve alel sayısı ile yağış arasında pozitif korelasyon olduğu saptandı. Regresyon analizi verilerine göre eko-coğrafik faktörlerin alel sayısı, etkili alel sayısı, genetik çeşitlilik ve Shannon enformasyon indeksi değerleri üzerinde etkili olduğu görüldü. Uzaysal genetik varyasyonu açıklamak için yapılan temel bileşenler analizinde, beş bileşenin toplam genetik varyasyonun % 87,42'sini açıkladığı tespit edildi. Bu çalışma Türkiye çapında Capparis L. bitkisinin genetik karakterizasyonu ile ilgili yapılmış ilk çalışma olup, genetik çeşitliliğin dikkate değer oranda olduğu ve eko-coğrafik faktörlerin genetik çeşitlilik üzerine etkisinin oldukça yüksek düzeyde olduğu gözlendi.

In this study genetic diversity of fifteen Capparis L. populations which were grown in Turkey was screened by using randomly amplified polymorphic DNA analysis (RAPD) technique. Ten RAPD primers, used in this study, produced 98 loci, which were 100 % polymorphic. The RAPD data obtained was computed by using POPGENE (version 1.32) genetic data analysis software program. According to genetic diversity data at locus level, total genetic diversity (HT) and genetic diversity within population (Hs) were detected as 0.16 and 0.12 respectively. The genetic differentiation (GST) and gene flow (Nm) between populations were observed as 0.22 and 1.79 respectively. Mean number of allele per locus (na), mean number of effective allele (nea), mean value of genetic diversity (He) and mean value of Shannon information index (I) were determined as 2, 1.20, 0.16 and 0.29 respectively. According to Pearson?s correlation analysis, mean number of allele had negative correlation with wind and positive correlation with rain. According to multiple regression analysis, eco-geographical factors had effect on mean number of allele, mean number of effective allele, mean value of genetic diversity and mean value of Shannon information index. Principal component analysis was performed to explain spatial genetic variation, revealing 87.42% of total genetic variation in five components. This is the first report, which is revealing genetic diversity of Turkish Capparis L. plants. Consequently, we observed considerable level of genetic variation and eco-geographical factors had substantial effect on genetic diversity in Capparis L. plants.