Yazar "Akhter, Shameem" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim
    Öğe
    Nükleik asit ekstraksiyonunda kullanılmak üzere, gram-pozitif bakteriler ve mikobakterilerin hücre duvarlarının ortadan kaldırılmasında yeni bir yöntem: kum yöntemi
    (Ankara Mikrobiyoloji Derneği, 2016) Şahin, Fikret; Kıyan, Mehmet; Karasartova, Djursun; Çalgın, Mustafa Kerem; Akhter, Shameem; Türegün Atasoy, Buse
    Günümüzde moleküler yöntemler, enfeksiyon etkenlerinin hızlı tanısında yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu amaçla en sık olarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi tercih edilmektedir. PCR kullanımında yeterli ve saf DNA veya RNA elde edilmesi önemlidir. Gram-negatif bakterilerde fenol-kloroform, DNAzol, proteinaz K, cam boncuk, kaynatma gibi farklı DNA ekstraksiyon yöntemleri başarıyla kullanılmaktadır. Hücre duvarında daha kalın peptidoglikan tabakası olan gram-pozitif bakteriler ile kompleks glikolipid bulunan mikobakteri cinsi bakterilerde ise, DNA ve RNA izolasyonu için bu kompleks yapıların ortadan kaldırılması gerekmektedir. Bu amaçla, stafi lokok cinsi gram-pozitif bakterilerde lizostafi n kullanılarak sferoplast oluşturulması, mikobakterilerde setil-trimetil amonyum bromür gibi kimyasallar kullanılarak bakteri duvarının tamamen veya kısmen uzaklaştırılması gerekmektedir. Herhangi bir kimyasal ajana gerek duyulmaksızın, bakteri hücre duvarının mekanik olarak ortadan kaldırılmasının amaçlandığı bu çalışmada, ince elenmiş kum partikülleri kullanılmış ve yöntem “kum yöntemi” olarak adlandırılmıştır. DNA ekstraksiyonu amacıyla ince elenmiş kum, küçük partiküllerini kaybetmeyecek şekilde ddH2O ile yıkanmış ve otoklavda sterilize edilmiştir. RNA ekstraksiyonu için ddH2O ile yıkanan kum, daha sonra %10 HCl’de (30 dakika) inkübe edilmiş ve otoklavda sterilize edilmiştir. Çalışmada, daha önce klinik bir örnekten izole edilen ve tanımlanan metisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) suşu, 100 mg hazırlanan kum ve 100 ?l Tris-EDTA çözeltisi içerisinde, 5 dakika maksimum hızda vortekslenmiş, DNA eldesi için proteinaz K ile muamele edilmiş ve sonrasında fenol kloroform-etanol presipitasyon protokolü takip edilmiştir. Kum yönteminin diğer yöntemler ile kıyaslanması amacıyla, kum yönteminde kullanılan miktardaki bakteri lizostafi n ile bir saat inkübe edildi ve kum yönteminde kullanılan miktarda proteinaz K eklenerek DNA ekstraksiyon işlemi tamamlanmıştır. Boncuk yönteminde steril cam boncuklar kum yönteminde olduğu şekilde kullanılmıştır. RNA eldesi için Mycobacterium tuberculosis H37Rv ATCC 25618, M.tuberculosis H37Ra ATCC 25177 ve M.tuberculosis H37Rv Pasteur Enstitüsü RSKK 598 standart suşları, 100 mg hazırlanan kum ve 20 ?l Tris-EDTA çözeltisi içerisinde 3-5 dakika maksimum hızda vortekslenmiş ve guanidinyum tiyosiyanat-fenol-kloroform (GTFK) ile klasik RNA ekstraksiyon protokolü tamamlanmıştır. Elde edilen DNA’nın kullanılabilirliği, çalışmada kullanılan MRSA suşundaki stafi lokinaz ve enterotoksin genlerine özgül primerler kullanılarak PCR ile araştırılmıştır. Kum yöntemi ile elde edilen RNA’nın kullanılabilirliğini saptamak için, önce cDNA sentezi yapılmış; daha sonra M.tuberculosis atım pompa genlerinden Rv1410c, Rv2333c ve DrrA’ya özgül primerler kullanılarak PCR uygulanmıştır. Karşılaştırma amacıyla, kum yönteminde kullanılan miktardaki mikobakteriye doğrudan GTFK protokolü uygulanmıştır. MRSA suşlarından lizostafi n uygulanarak elde edilen DNA ile kum yöntemi uygulanarak elde edilen DNA’lar agaroz jelde yürütülmüş, spektrofotometrede miktar ve saflıkları kıyaslanmıştır. Sonuç olarak, yaklaşık aynı miktar ve saflıkta DNA’ların elde edildiği gözlenmiştir. Kum yöntemiyle elde edilen DNA’ların herhangi bir inhibitör ajan içermediği, PCR’nin etkin olarak çalışmasıyla gösterilmiştir. Mikobakteri suşlarından kum yöntemiyle RNA elde edilebildiği halde, diğer yöntemlerle RNA elde edilememiştir. Kum yöntemi kullanılarak elde edilen RNA’ların gerek cDNA sentezinde gerekse bu cDNA’ların kullanıldığı PCR yönteminde etkin olarak çalıştığı gösterilmiştir. Çalışmamızda tanımlanan kum yöntemi ile nükleotid eldesi zor olan sert ve kompleks hücre duvarına sahip bakterilerden, saf ve yeterli miktarda DNA ve RNA elde edildiği belirlenmiştir. Sonuç olarak bu yöntemin, pahalı sayılabilen lizostafi n veya farklı kimyasalların yerine herhangi bir masrafı olmayan kumun kullanılması sayesinde ekstraksiyon maliyetini düşüreceği, ayrıca DNA ekstraksiyon süresini kısaltması açısından avantajlı olacağı düşünülmüştür
  • [ X ]
    Öğe
    Synthesis and characterization of electrospun NiCoCdNdFeO4 nanofibers
    (Elsevier B.V., 2020) Alahmari, Firas S.; Almessiere, Munirah Abdullah; Slimani, Yassine; Güngüneş, Hakan; Shirsath, Sagar E.; Akhter, Shameem; Baykal, Abdulhadi
    We report here the production of novel Ni0.5Co0.5?xCdxNd0.02Fe1.78O4 nanofibers (NFs) (0.00 ? x ? 0.25) via electrospinning method with using polyvinylpyrrolidone (PVP) as a polymer agent. The investigation of the partial substitution effect of Co by Cd ions in Co0.5Ni0.5Fe1.78Nd0.02O4 NFs on their morphological, structural and magnetic properties was performed. The XRD confirmed the successful formation of Ni0.5Co0.5?xCdxNd0.02Fe1.78O4 (0.00 ? x ? 0.25) NFs with cubic structure. The hyperfine parameters were determined from the analysis of Mössbauer results. The hyperfine magnetic field of both sites was not much affected by the substitution. Mössbauer analysis indicated that the Cd2+ ions strongly occupy A site and the Fe3+ions emigrated from A site to B site, and hence the content of Co2+ions diminished at B site. Room temperature (RT; T = 300K) and 10 K magnetization curves were investigated via vibrating sample magnetometer (VSM). All prepared samples displayed ferrimagnetic behavior at both measured temperatures. The saturation magnetization (Ms) enhances from x = 0.00 to 0.05 and thereafter reduces with the further increase in Cd2+ ion contents. All the Cd-substituted samples displayed higher Ms values than that of the non-substituted sample. The improvement in Ms values with Cd substitution is largely ascribed to the surface spins effects and cations distribution on Td and Oh sites. Magnetic moments, remanence (Mr) and coercivity (Hc) were determined and investigated.