Tez Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Karbapeneme dirençli klebsıella pneumonıae suşlarında karbapenem direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması(Hitit Üniversitesi, 2023) Kocaman, Çağdaş; Savcı, ÜnsalAmaç: Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenemaz varlığının fenotipik ve genotipik yöntemlerle test edilmesi, karbapenemaz enzim tiplerinin dağılımının tespit edilmesi ve test yöntemleri arasındaki korelasyonun belirlenmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Mart 2022 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen ve karbapenem grubu antibiyotiklerden en az birine dirençli 100 K. pneumoniae suşu çalışmaya dahil edilmiştir. Bakterilerin tanımlanması ve antibiyogramı VITEK 2 Compact (bioMérieux, Fransa) otomatize sistemi ile yapılmıştır. Karbapenemaz direncini belirlemek amacıyla fenotipik yöntem olarak kombinasyon disk testi kullanılmıştır. Genotipik yöntem olarak ise en sık rastlanan karbapenemaz direnç genleri olan blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP ve blaOXA-48'i hedefleyen iki farklı multipleks polimeraz zincir reaksiyonu uygulanmıştır. Bulgular: Kombinasyon disk testi ile tüm örneklerin karbapenemaz ürettiği saptanmış olup 87 (%87) izolatta OXA-48 benzeri, 13 (%13) izolatta MBL pozitifliği tespit edilmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu ile 91 izolatta pozitiflik saptanmış olup 76 (%76) izolat OXA-48, 13 (%13) izolat NDM, 2 (%2) izolat OXA-48 + NDM olarak sonuçlanmıştır. 9 (%9) örnekte araştırılan direnç genlerine rastlanmamıştır. Hiçbir izolatta KPC, VIM ve IMP gözlenmemiştir. İki test arasındaki uyum %89 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin karbapenemaz varlığını saptama açısından duyarlılığı %100, pozitif prediktif değeri %91 olarak saptanmıştır. Kombinasyon disk testinin sadece OXA-48'e sahip izolatlar için duyarlılığı %100, özgüllüğü %54,1, pozitif prediktif değeri %87,3, negatif prediktif değeri %100 olarak saptanmıştır. Sadece NDM'ye sahip izolatlar için ise tüm değerler %100 olarak saptanmıştır. OXA-48 + NDM'ye sahip iki izolat kombinasyon disk testi ile OXA-48 benzeri olarak yorumlanmıştır. Sonuç: Türkiye'de OXA-48'in endemik olduğu düşünüldüğünde en sık saptanan karbapenemazın OXA-48 olması beklenen bir sonuç olmuştur. Kombinasyon disk testi ucuz maliyeti, uygulama kolaylığı, karbapenemaz direnç mekanizmalarını belirleyebilmesi ve polimeraz zincir reaksiyonu ile büyük ölçüde uyumlu olması bakımından laboratuvarlarda karbapenemaz direnç genlerinin saptanması için kullanılabilir. Anahtar Kelimeler: K. pneumoniae, Kombinasyon disk testi, Karbapenemaz, Karbapenem direnci, OXA-48Öğe Karbapeneme dirençli pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam'a karşı in vitro duyarlılık yöntemlerinin karşılaştırılması ve bazı karbapenemaz genlerinin araştırılması(Hitit Üniversitesi, 2023) Acar, İsmail Aytaç; Afşarlar, HandeAmaç: Seftazidim avibaktam duyarlılığını güvenilir bir şekilde belirlemek için alternatif yöntemlere ihtiyaç vardır. Bu çalışmada karbapenem dirençli Pseudomonas aeruginosa suşlarında seftazidim avibaktam duyarlılığını değerlendirmek için referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon ile disk difüzyon yöntemlerinin karşılaştırılması ve polimeraz zincir reaksiyonu yöntemiyle sık görülen karbapenemaz genlerinin (KPC, IMP, VIM, NDM, OXA-48, GES) araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Mart 2021-Ocak 2023 tarihleri arasında Hitit Üniversitesi Çorum Erol Olçok Eğitim ve Araştırma Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen klinik örneklerden izole edilen karbapenem dirençli 103 P. aeruginosa izolatı çalışmaya dahil edilmiştir. Seftazidim avibaktam duyarlılığının belirlenmesi için disk difüzyon ve sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılmıştır. Karbapenemaz üretiminin fenotipik tayini, karbapenem inaktivasyon yöntemiyle yapılmıştır. Genotipik tayin için DNA izolasyonu yapıldıktan sonra polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi uygulanmış, çoğaltılan gen bölgeleri agaroz jel elektroforezi sayesinde yürütülmüş ve UV ışık altında görüntülenmiştir. Bulgular: İzolatların %69'u sıvı mikrodilüsyon sonuçlarına göre seftazidim avibaktama duyarlı, %31'i seftazidim avibaktama dirençli bulunmuştur. Disk difüzyon yöntemi uygulanan 98 izolat, sıvı mikrodilüsyon sonuçlarıyla uyumlu sonuç vermiş olup iki izolat teknik belirsizlik alanı içerisinde bulunmuş, üç izolatta uyumsuz sonuç gözlenmiştir. Teknik belirsizlik alanı içinde bulunan izolatlar sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunmuştur. İki izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama dirençli bulunup sıvı mikrodilüsyon ile duyarlı bulunurken, bir izolat disk difüzyon ile seftazidim avibaktama duyarlı bulunup sıvı mikrodilüsyon ile dirençli saptanmıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile 2 NDM, 1 VIM ve 8 GES üreten izolat tespit edilmiştir. NDM ve VIM üreten üç izolatta karbapenem inaktivasyon metodu pozitifliği saptanmış, karbapenem inaktivasyon metodu sonucu pozitif olan iki izolatta ise karbapenemaz geni saptanamamıştır.
