Bakteriyel biyofilm oluşumunu engelleyecek moleküllerin sentezi ve anti-biyofilm etkinliklerinin incelenmesi

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorTürksoy, Seçil
dc.contributor.authorBiçer, Merve
dc.date.accessioned2019-11-18T14:01:05Z
dc.date.available2019-11-18T14:01:05Z
dc.date.issued2018en_US
dc.date.submitted2018-08-28
dc.departmentHitit Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Gıda Mühendisliği Anabilim Dalı
dc.description.abstractÇalışmada; akridin türevi moleküller sentezlenerek bu moleküllerin bakteriyel biyofilm oluşumunu engelleme potansiyeli araştırılmıştır. Bakterilerde biyofilm oluşumundan sorumlu nükleotid, halkalı dimerik guanozin monofosfat (c-di-GMP) olup akridin türevleri bu nükleotidle etkileşerek G-kuadrupleks yapısı oluşturmaktadır ve bu yapının oluşmasıyla biyofilm oluşumunu kontrol eden mekanizma durdurulabilir. Tez çalışması kapsamında, akridin türevlerinin hem c-di-GMP ile etkileşip etkileşmeyeceği araştırılmış hem de biyofilm oluşturma özelliği bulunan Bacillus subtilis suşu üzerindeki etkisi test edilmiştir. Akridin türevlerinin c-di-GMP üzerindeki etkisi, monomerik GMP ile yapılan denemeler ile belirlenmiş, etkileşim sonucu GMP konsantrasyonunda oluşan azalmalar ultraviyole (UV) spektroskopisi ve yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) kullanılarak saptanmıştır. Bu türevlerin biyofilm oluşumu üzerine etkisi ise kuyucuklu plakaya ekim yöntemi ile belirlenmiştir. Sentezlenen akridin türevleri literatürde yer almayan yeni yapılar olup c-di-GMP ile etkileşmekte ve Bacillus subtilis suşu üzerinde biyofilm oluşumunu engelleyici etki göstermektedir.
dc.description.abstractIn this study, acridine derivatives have been synthesized and studied for their potential to inhibit the bacterial biofilm formation. The nucleotide responsible for the formation of biofilms in bacteria is the cyclic dimeric guanosine monophosphate (c-di-GMP), which interacts with acridine derivatives to form the G-quadruplex structure. In this way, the mechanism controlling biofilm formation can be blocked. Within the scope of the study, it was investigated whether the acridine derivatives interact with c-di-GMP, as well as the effect on the Bacillus subtilis strain, which has the ability to form biofilms, has been tested. The effect of the acridine derivatives on c-di-GMP was determined by means of monomeric GMP assays, and the decreaase in the resulting concentration of GMP were determined using ultraviolet (UV) spectroscopy and high performance liquid chromatography (HPLC). The effect of these derivatives on the formation of biofilm was determined by microtiter dish biofilm formation assay. The synthesized acridine derivatives are novel structures that are not present in the literature and interact with c-di-GMP resulting an inhibitory effect on biofilm formation of Bacillus subtilis strains.
dc.description.provenanceSubmitted by Zeynep Umut Arslan (umutarslan@hitit.edu.tr) on 2019-11-18T14:00:52Z No. of bitstreams: 1 merve-bicer2018.pdf: 1809683 bytes, checksum: fada715ef666e7aba230e8e020d799a2 (MD5)en
dc.description.provenanceApproved for entry into archive by Zeynep Umut Arslan (umutarslan@hitit.edu.tr) on 2019-11-18T14:01:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 merve-bicer2018.pdf: 1809683 bytes, checksum: fada715ef666e7aba230e8e020d799a2 (MD5)en
dc.description.provenanceMade available in DSpace on 2019-11-18T14:01:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 merve-bicer2018.pdf: 1809683 bytes, checksum: fada715ef666e7aba230e8e020d799a2 (MD5) Previous issue date: 2018en
dc.description.tableofcontentsÖZET -- iv ABSTRACT -- v TEŞEKKÜR -- vi İÇİNDEKİLER -- viii ÇİZELGELER DİZİNİ -- x ŞEKİLLER DİZİNİ -- xi SİMGELER VE KISALTMALAR -- xii 1. GİRİŞ -- 1 2. KAYNAK ÖZETLERİ -- 3 2.1. Biyofilm Oluşumunun Gıda Endüstrisine Etkileri -- 5 2.2. Bacillus subtilis ve Biyofilm Üretme Özelliği -- 9 2.3. Biyofilm Oluşum Mekanizmaları -- 10 2.3.1. Dönüşümlü tutunma -- 11 2.3.2. Dönüşümsüz tutunma -- . 2.3.3. Koloni oluşumu… 2.4. Halkalı Dimerik Guanosin 3’,5’-monofosfat (c-di-GMP) Yapısı -- 11 11 12 2.5. Akridinler -- . 2.6. Akridin Türevleri -- 3. MATERYAL VE METOT -- 17 18 20 3.1. Kullanılan Kimyasal Maddeler -- . 20 3.2. Kullanılan Cihazlar -- 20 3.3. Silika Destekli Akridin Türevlerinin Sentezi -- 20 ix 3.4. Guanosin 3′,5′-siklik Monofosfat (c-di-GMP) ile İnterkalasyon -- 22 3.4.1. UV spektrometre ile gerçekleştirilen analizler -- 22 3.4.2. HPLC ile gerçekleştirilen analizler -- 24 3.5. Biyofilm Oluşumu Üzerine Etkinin İncelenmesi -- 25 3.5.1. Bakteri aktivasyonu -- 25 3.5.2. Akridin türevlerinin biyofilm inaktivasyon etkisinin incelenmesi… 25 3.5.3. Biyofilm oluşumunun tespiti -- 26 4. ARAŞTIRMA BULGULARI -- 27 4.1. Silika Destekli Akridin Türevinin Yapı Analizi -- 27 4.2. c-GMP ile Etkileşimin Belirlenmesi -- 29 4.2.1. GMP etkileşiminin UV spektroskopisi ile belirlenmesi -- 29 4.2.2. GMP etkileşiminin HPLC ile belirlenmesi -- 32 4.3. Silika Destekli Akridin Türevlerinin Biyofilm Üzerine Etkisi -- 35 5. SONUÇ VE ÖNERİLER -- 37 KAYNAKLAR -- ÖZGEÇMİŞ -- 39 46en_US
dc.description.tableofcontentsÖZET -- iv ABSTRACT -- v TEŞEKKÜR -- vi İÇİNDEKİLER -- viii ÇİZELGELER DİZİNİ -- x ŞEKİLLER DİZİNİ -- xi SİMGELER VE KISALTMALAR -- xii 1. GİRİŞ -- 1 2. KAYNAK ÖZETLERİ -- 3 2.1. Biyofilm Oluşumunun Gıda Endüstrisine Etkileri -- 5 2.2. Bacillus subtilis ve Biyofilm Üretme Özelliği -- 9 2.3. Biyofilm Oluşum Mekanizmaları -- 10 2.3.1. Dönüşümlü tutunma -- 11 2.3.2. Dönüşümsüz tutunma -- . 2.3.3. Koloni oluşumu… 2.4. Halkalı Dimerik Guanosin 3’,5’-monofosfat (c-di-GMP) Yapısı -- 11 11 12 2.5. Akridinler -- . 2.6. Akridin Türevleri -- 3. MATERYAL VE METOT -- 17 18 20 3.1. Kullanılan Kimyasal Maddeler -- . 20 3.2. Kullanılan Cihazlar -- 20 3.3. Silika Destekli Akridin Türevlerinin Sentezi -- 20 ix 3.4. Guanosin 3?,5?-siklik Monofosfat (c-di-GMP) ile İnterkalasyon -- 22 3.4.1. UV spektrometre ile gerçekleştirilen analizler -- 22 3.4.2. HPLC ile gerçekleştirilen analizler -- 24 3.5. Biyofilm Oluşumu Üzerine Etkinin İncelenmesi -- 25 3.5.1. Bakteri aktivasyonu -- 25 3.5.2. Akridin türevlerinin biyofilm inaktivasyon etkisinin incelenmesi… 25 3.5.3. Biyofilm oluşumunun tespiti -- 26 4. ARAŞTIRMA BULGULARI -- 27 4.1. Silika Destekli Akridin Türevinin Yapı Analizi -- 27 4.2. c-GMP ile Etkileşimin Belirlenmesi -- 29 4.2.1. GMP etkileşiminin UV spektroskopisi ile belirlenmesi -- 29 4.2.2. GMP etkileşiminin HPLC ile belirlenmesi -- 32 4.3. Silika Destekli Akridin Türevlerinin Biyofilm Üzerine Etkisi -- 35 5. SONUÇ VE ÖNERİLER -- 37 KAYNAKLAR -- ÖZGEÇMİŞ -- 39 46
dc.identifier.citationBiçer, M. (2018). Bakteriyel biyofilm oluşumunu engelleyecek moleküllerin sentezi ve anti-biyofilm etkinliklerinin incelenmesi (Yüksek Lisans Tezi).
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11491/5393
dc.language.isotr
dc.publisherHitit Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectBakteriyel Biyofilmen_US
dc.subjectBacillus Subtilisen_US
dc.subjectAkridin Türevlerien_US
dc.subjectBacterial Biofilmen_US
dc.subjectBacillus Subtilisen_US
dc.subjectAcridine Derivativesen_US
dc.titleBakteriyel biyofilm oluşumunu engelleyecek moleküllerin sentezi ve anti-biyofilm etkinliklerinin incelenmesi
dc.title.alternativeSynthesis of the bacterial biofilm inhibitor molecules and investigation of their anti-biofilm activityen_US
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
merve-bicer2018.pdf
Boyut:
1.73 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
[ X ]
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu